Szkoła Podstawowa nr 13 w Olsztynie powstała w 1958 roku. Na początku swojego istnienia mieściła się przy ulicy Sybiraków (wówczas ul. Gagarina). Zapisy uczniów rozpoczęły się 20 sierpnia 1958 roku w lokalu szkoły nr 5. „Trzynastka” miała wówczas 607 uczniów skupionych w klasach liczących od 38 do 45 osób. Pierwsze posiedzenie Rady Pedagogicznej odbyło się 27 sierpnia 1958 roku.
We wrześniu 1964 roku rozpoczęły się lekcje w budynku przy ulicy Puszkina 11 – w jednym z najnowocześniejszych w tamtych czasach obiekcie edukacyjnym w Olsztynie.
W roku szkolnym 1972/73 dzieci naszej szkoły po raz pierwszy brały udział w zajęciach na basenie miejskim.
13 października 1973 roku szkoła otrzymała imię KOMISJI EDUKACJI NARODOWEJ oraz sztandar ufundowany przez rodziców. W tym samym roku dyrektorem szkoły została Pani Renata Traba, która objęła tę funkcję po Pani Marii Okupskiej.
12 października 1978 roku, z okazji 20-lecia istnienia szkoły, odbyły się uroczystości rocznicowe. W tym dniu gościem honorowym była nauczycielka, działaczka społeczno-oświatowa, wielka poetka Pani Maria Zientara – Malewska. Dokonano również otwarcia szkolnej harcówki, w której odbywały się zbiórki harcerskie i zuchowe.
W roku szkolnym 1980/81 rozpoczął pracę oddział przedszkolny.
W roku szkolnym 1986/87 funkcję dyrektora objęła Pani Irena Jarocka, która pełniła tę funkcję do roku szkolnego 1989/90. Za kadencji Pani Jarockiej wybudowano nowe szatnie, przebudowano świetlicę i stołówkę.
We wrześniu 1990 roku funkcję dyrektora przejął Pan Leszek Kirzenkowski. W tym czasie w szkole dokończono remont, odnowiono elewację, wybudowano nowoczesne boisko i utworzono pracownie komputerowe. Kolejne lata przyniosły odnowienie sali gimnastycznej oraz doposażenie szkoły w sprzęt multimedialny. Uczniowie szkoły osiągali bardzo dobre wyniki w nauce oraz zdobywali laury w konkursach. W 1999 roku w Polsce wprowadzono reformę oświaty. Mury szkoły opuścili pierwsi szóstoklasiści, przechodząc do gimnazjów. „Trzynastka” została szkołą podstawową.
Kolejna reforma oświaty przyniosła likwidację gimnazjów, a w SP 13 znów pojawili się siódmo- i ósmoklasiści. Pierwszy egzamin ósmoklasisty został przeprowadzony wiosną 2019 roku.
W roku szkolnym 2017/18 dyrektorem szkoły została Pani Daria Narbut, która pełniła tę funkcję do 2021 roku.
Obecnie dyrektorem Trzynastki jest Pani Małgorzata Siergiej.
KEN, czyli kilka słów o patronie szkoły
Pierwsze ministerstwo oświaty, jakie powstało w dziejach, utworzono w Polsce. Była to powołana przez Sejm Rzeczpospolitej w dniu 14.10.1773 r. Komisja Edukacji Narodowej – świecka władza oświatowa. KEN stworzyła podwaliny pod nowoczesny system szkolny, sprawną administrację, unowocześnione programy nauczania, wytyczyła jasne cele wychowania, wprowadziła metody kształcenia oparte na doświadczeniu i racjonalnym ujmowaniu zjawisk. W skład Komisji wchodziło: czterech senatorów i czterech posłów, którzy reprezentowali Koronę i Wielkie Księstwo Litewskie. Najbardziej zasłużeni członkowie Komisji to: A. K. Czartoryski, J. Chreptowicz, I. Potocki, A. Zamoyski.
Komisja objęła swoim nadzorem szkoły wszystkich szczebli: od podstawowych, parafialnych przez 72 gimnazja, aż po uniwersytety w Krakowie, Wilnie. Powołała Towarzystwo do Ksiąg Elementarnych, którego zadaniem było opracowanie programów nauczania i podręczników szkolnych, w rzeczywistości stało się ono wydziałem pedagogicznym KEN.
Komisja Edukacji Narodowej działała do 1794 r., wprowadziła jasne cele wychowania, metody kształcenia oparte na doświadczeniach. W ciągu dwudziestu lat działalności KEN mury szkolne opuściły lepiej wykształcone pokolenia Polaków.
